Al centro della storia si trova la vicenda di Mary, una bambina orfana che viene affidata a uno zio sempre indaffarato e distante. La sua prima reazione, appena giunta nella villa, è di rifiuto; nulla le piace. Scontrosa e capricciosa, si sente perennemente insoddisfatta. Tuttavia, grazie ai suggerimenti di Martha, una giovane cameriera di origine contadina, Mary inizia a scoprire la bellezza dei luoghi che circondano la casa, avvicinandosi così alla natura. È proprio Martha a raccontarle una storia che accende la sua immaginazione: un tempo, c'era un giardino amato dalla defunta moglie dello zio, un luogo che, tragicamente, divenne anche il sito della sua morte per una caduta dall'altalena. Colpito dal dolore, lo zio decise di chiudere l'ingresso del giardino affinché nessuno potesse più accedervi. A quel punto, Mary si mette alla ricerca del giardino segreto. È vero, ogni bambino ha un luogo speciale, accessibile solo a loro e, talvolta, ai loro amici più intimi. Ma in questo caso, il giardino segreto esiste davvero e attende solo di essere scoperto! In questa avventura, che rappresenta anche un viaggio interiore, Mary troverà dei compagni di cui fidarsi: un burbero giardiniere e due altri bambini, il fratellino di Martha, Dickon, e Colin, anch'egli orfano di madre e cugino di Mary.